资金运作是否规范，直接构成财务核算能否规范的基础。2012年度IPO财务专项检查中，证监会公告[2012]14号、发行监管函[2012]551号均多处提到资金的核查，包括虚构交易的资金操作、体外资金支付货款、现金交易(包括个人卡)、资金占用等。新三板也应将该等问题作为重点关注。
体内资金的真实性核查并不复杂，通过调取银行对账单，抽取大额资金往来与合同、发货单、客户验收单等核对，并结合函证和实地走访等核查程序。
体外资金的核查相对复杂，一方面应对主要材料的采购做合理性分析，特别关注采购单价是否合理、投入产出比是否合理等；另一方面按财务专项检查时的惯例，调取关键人员及可疑对象的个人卡对账单并对大额资金往来的业务基础进行询问和取证。
现金交易(包括个人卡)的核查详见后文“经销商模式”，资金占用的相关问题详见前文“独立性”。
现金流量表的地位和作用不言而喻，但因税务申报并无硬性要求，因此大多数企业日常财务核算时并不编制现金流量表，关注度也较低。而在资本市场，现金流量表有着举足轻重的作用，证监会则干脆将经营活动现金流量净额作为IPO的硬指标之一。
其中，关联资金往来的现金流处理对经营活动现金流量净额可能产生较大影响，大体上有两种思路，其一以是否计收或计付资金占用费作为属于经营活动还是非经营活动的判断标准，其二为了避免关联资金往来因无法准确定性对经营活动现金流量净额产生影响而将其作为非经营活动。前者是从对投资和筹资活动的定义出发，不产生资金占用费的往来不构成投资或筹资行为，但实务中是否计收或计付资金占用费主要取决于企业和相关人员的意愿，特别是实际控制人或控股股东与企业的资金往来，为了规避可能产生的税费而不计提，导致部分资金往来明细与公司经营没有关系但却因没有资金占用费而计入了经营活动，造成对重要指标的影响。因此，我们倾向于后者。至报告期后期，资金占用情况通常已清理完毕，自然也就不存在上述争议及对现金流量表的影响。
上述关联资金往来是指主体与合并范围外的关联方之间，对于合并范围内各主体之间的内部往来，多系为提高资金利用率，操作频繁且对合并报表无影响，在各自的单体报表中则倾向于作为经营活动。
