电子商务站点开发的组织机构企业进行电子商务站点的建设，其内部组织结构也要相应有所谓整。根据上面描述的建设模式，相应地有以下几种类型:
(1)如果将站点建设和维护的工作外包出去，企业并不需要在组织结构上进行改变，只需指定专门人员负责与专业公司的协调工作。
(2)如果企业自行建设商务站点，同时企业的规模不大，维护站点的工作量不大也不复杂，企业可以设置网络管理员(Web Master)一职。根据加拿大酿酒业龙头企业Molson网络项目负责人的观点，网络管理员的工作权限与杂志编辑类似。网络管理员应具备如下基本素质：同时处理多项任务/品牌/创新的能力；财务预算管理和规划能力；对各种web设计语言和工具较为熟练；能与企业的信息系统相协调；较强的设计能力；较强的沟通能力；良好的人际关系。
(3)对于大型企业，可设网络资源管理部门(Web/Internet Resource Executive，简称WIRE)实现公司整体协调。美国Maloff营销战略咨询公司主席Joel Maloff认为，设立WIRE部门作为管理公司网络资源并协调其他部门是一个有创意的观点，只要一开始就明确其目的、地位和职能，可以起到协调公司发展、提高公司整体效率的作用。当然，WIRE的合格人选要具备以下条件:优秀的处理人际关系的能力;较广的网络和电子商务知识；一定的商业知识；经得起考验的项目管理和协调能力；有效的配合高层管理阶层的工作；能同时担任领导者和促进者两种角色；优秀的倾听意见、吸取有用信息的能力。
