生产过程的质量控制
制药企业生产过程中的质量监控十分重要。必须明确适当的质量监控点进行实时快速采集质量信息，并快速反馈。保证整个生产过程符合产品质量标准。
质量检验复杂
制药企业的质量检验一般包括检数和检量方式，物料检验指标也有多种，最终检测结果需要复杂的计算。检验人员往往需要花很长的时间才能出具检验报告，直接影响物料的入库效率。
设备管理
优秀的品质依赖符合设计状态的正常运转的设备。GMP对生产和辅助设备也有严格的管理要求。
6、 分销管理容易失控
制药企业一般多会在全国大中型城市设置分销外点，各分销点负责企业产品在当地的销售业务。企业需要及时掌握外点库存、账款状况、资金、药品质量状况，以便调整生产和营销计划。原来手工作业配合电话传真的管理方式容易造成信息失真。既影响企业了解各地的实际经营状况，又不利于质量的保证与追踪。
7、 库存普遍过高，余缺不均
医药企业物料众多，每种物料的特性各异。在手工管理模式下，很容易造成账实不符，生产所需物料有余有缺。不合理的库存结构大量占用了企业有限的资金。
8、 品种多，一品多厂，商品分析需要细化
医药品种多，同一个品种又有很多生产厂家；产品划分比较复杂。对商品的描述需要从多个角度进行，例如，从功效分，从形态分，从中西药角度分等。从经营角度看，又需要作高档、低档，畅销、滞销等划分。只有对品种进行合理分析，才能更好创造效益。从目前医药企业看，这部分工作难度大，手工难以处理。
9、 价格体系复杂，手工难以处理
医药渠道复杂，对应价格体系也十分复杂。国家规定有批发价、零售价（指导价），企业内部有调拨价、实际批发价、实际零售价。对于不同客户同一品种有不同的价格设定，而对于同一客户同一品种依然存在不同价格策略（如数量折扣）等等。如此庞大的信息，手工是难以有效维护的，这最终将影响到商务环节的效率。
10、 返点和绩效考核
销售返点是医药行业的一大特色，作为实现销售目标的重要手段被医药企业广泛灵活的加以应用。为监督执行效果，企业必须全程及时跟踪协议执行情况，工作量相当大且困难。此外还需要砸滴袢嗽钡囊导ń衅拦溃己说闹饕副暧谢乜疃睢⒄似凇⒎制分秩范ㄌ岢杀壤取?
11、 流程审批过程比较多，手工操作效率低
由于医药价格体系复杂、相关法规管控等原因，很多业务流程都需要经历多步骤的审批环节。在手工方式下，人员要跑上跑下，经过多个环节后才可能完成，效率很低。
