在贸易伙伴建立EDI,就相当于他们将十分重要并且机密的数据委托给了这个系统。因此,必须防止这些数据未经授权而被使用并泄露出去,以保证数据准确而未加任何改动。完善的EDI系统包括:一个确信使用方便的系统,使网络中的数据可以较容易地为经过授权的使用人所调用。一个控制使用的系统,使网络内一些受限制的数据只能为特殊的经过授权的个人使用。一个确保数据完整的系统,使数据免于因意外或人为的修改而破坏。通信网络的三种类型:1.传统的中央处理器与终端的联接方式,包括微机间的联接方式。2.局域网可以使PC机通过通信线路分享信息源的方式。大多数局域网间以及更大的系统之间均可以相通。3.外部电话网方式,它包括通常使用的电话网、增值网(VAN),以及其它公用通信服务。上述三种类型都容易受到侵害,因为一般情况下进入系统很容易,而系统却不易发现这种侵入。因此,EDI的安全系统中的保护,就是要像关上一扇门,而又不锁死,这样就使那些经过授权使用数据,并且实际工作中也需要使用的工作人员不必受阻碍。