1911年12月29日,在中央临时政府会议上,大家一致推举孙中山为中华民国临时大总统,商议成立中国临时政府并定都南京,确定1912年为民国元年。1912年1月l日,孙中山从上海到南京就任临时大总统。但因袁世凯的扶持和革命党人的妥协,1912年4月1日,孙中山正式辞去临时大总统职,袁世凯窃取了革命果实,并定都北京。革命虽然受到挫折,但是孙中山先生没有气馁,继续展开了护法运动、护国运动、讨袁运动。1924年1月同中国共产党进行了第一次合作,并提出了“联俄、联共、扶助农工”的“新三民主义”。直到肝癌晚期,他仍忍着病痛,北上与冯玉祥商讨国事。1925年3月12日,终因肝病恶化在北京逝世。
孙中山先生生前十分喜欢钟山(紫金山)。早在1912年,就任临时大总统时,就曾登山游览。同年4月1日被解除大总统之职后,来这里打猎,看到这里山水相依,气势雄伟,就有了他回长眠此山的想法。在北京弥留之际,他还念念不忘这一夙愿,再三叮嘱左右。当然,孙中山葬于紫金山,不仅仅是个人的愿望,还有一个重要的原因,那就是南京曾是革命的策源地和临时政府所在地,孙中山先生长眠于此,表示了讨伐帝制和继续革命的决心。