东配殿在隆恩殿东厢。殿顶是“歇山式”，上铺黄色琉璃瓦，四面出廊，面阔三间，进深二间，其下有低矮的石基座。门窗及梁柱一律以朱红油饰。殿内原有小暖阁及宝座等陈设。
    东配殿是昭陵一座至关重要的场所．它的使用主要有二项。
    一、存放祝板。昭陵每年奉行大祭礼之前，盛京礼部要将祝板、制帛送至昭陵，以便大祭时向神位宣读。这两件祭物是代表皇帝向祖宗表达哀思和意愿的文书．是十分关键而重要的祭物。祝板、制帛在大祭前一天送到，先供存于东配殿。大祭当天凌晨，礼部读祝官及赞礼官到此，向祝板、制帛行一跪四叩头礼，再将祝板、制帛请出，至隆恩殿行祭。
    二、代替隆恩殿存放神位。在清代，祭陵被奉为国家大典．绝对不可稍有懈怠，必须按时按制认真执行。然而，做为祭祀的场所隆恩殿有时也需要维修、彩画，甚至要大修。为了避免因修缮而影响祭祀，于是采用一个“变通”办法，以东配殿暂时替代隆恩殿，凡遇隆恩殿修缮，将殿内太宗及孝端文皇后“神牌”以及其它陈设挪到东配殿如式供奉，每逢大祭、小祭以及其它祭祀，一律改在此殿举行。尽管东配殿殿内狭窄依然因陋就简，以不失礼制为主旨。
    另外，在奉移神牌时，必须事前经皇帝钦派由京师派来钦差大臣会同盛京将军一起承办，其它官员在没有皇帝授旨条件下不准擅自移动。乾隆三十年修昭陵隆恩殿和东配殿曾两度移动神牌。为些，皇帝弘历特派公永玮来盛京，与将军图舍肯将神牌从隆恩殿移到东配殿。为了等候隆恩殿工程竣工，弘历要永玮暂留在盛京，等神牌移回隆恩殿再回京师。
    东配殿现陈列“皇太极史迹展览”，内有太宗鹿角椅、龙袍（均为复制品）等遗物。
    西配殿在隆恩殿西厢。建筑形式与东配殿完全相同。此殿是举行“忌辰”行大祭礼时供喇嘛诵经作法的场所。殿内原有方桌一张，位居殿内正中，祭祀时桌上放着一尊用白面和菜籽油制成的喇嘛塔（大肚塔），塔对面的西墙上挂有佛像及“唐卡”（佛画），方桌南北各有低矮的条桌长凳，是喇嘛们的坐席，祭祀时在此敲打法器口念经咒。清代崇信喇嘛教，各种祭祀活动大都少不了喇嘛们的参予。比如，举行宸妃葬礼时，太宗皇太极便派了不少喇嘛、道士以及萨满去妃墓地举行宗教仪式。昭陵也是如此，据档案记载，早在顺治年间建昭陵之初，这里便有名叫“格龙”的喇嘛首领，表明当时这里曾有一批从事祭把的职业喇嘛，此后不知从何时开始，昭陵忌辰大祭要从盛京实胜寺、长宁寺等处请喇嘛念经。这项制度直到伪满洲国一直如此。伪满康德年间傀儡皇帝溥仪为了敬天法祖光宗耀祖，特地钦派“御弟”溥伟来沈阳“恭代”祭祀祖宗陵墓和太庙。溥伟在祭祀昭陵时即从实胜寺等处请来大批喇嘛念经作法。这次大祭显然是在国难当头、民怨沸腾的背景下举行的，但是，他们仍然要“悉前祖制”