《公司法》和《公司注册资本登记管理规定》允许以非货币财产出资，且2013年修订后删除了货币出资不低于30%的规定，意味着鼓励非货币财产出资。但实务中非货币财产出资的手续繁杂，监管审核时格外引人关注，还适用特定的税收法规条款。
其中最典型的是无形资产出资，常见的用于出资的无形资产包括土地使用权、软件、知识产权等。无形资产出资可能产生的问题及审核关注要点主要包括：
1、权属问题。
常见的是职务发明，一旦定性，用于出资则可能引发以公司资产重复出资或以评估价值入账的质疑。根据《专利法》规定，“执行本单位的任务或者主要是利用本单位的物质技术条件所完成的发明创造为职务发明创造。职务发明创造申请专利的权利属于该单位，申请被批准后，该单位为专利权人。非职务发明创造，申请专利的权利属于发明人或者设计人，申请被批准后，该发明人或者设计人为专利权人。利用本单位的物质技术条件所完成的发明创造，单位与发明人或者设计人订有合同，对申请专利的权利和专利权的归属作出约定的，从其约定。”
2、作价问题。
根据《公司法》规定，“作为出资的非货币财产应当评估作价，核实财产，不得高估或者低估作价”。但即使经过评估仍可能存在瑕疵，一方面无形资产的评估难度较高、精度不足，不同的评估机构或采用不同的评估方法都可能得出不同的结论，最终确定的作价金额或多又少有些随意性；另一方面不排除中小企业在资金匮乏的情况下为做大注册资本而人为抬高评估作价；此外还可能存在虽然用于出资的知识产权有价值且评估作价足额，但对公司并无实际用途等。
3、程序问题。
即是否经过评估和验资，中介是否具备相应资质。
4、无形资产出资比例问题。
《公司法》修订前规定货币资金出资不得低于注册资本的30%；以工业产权、非专利技术作价出资的金额不得超过有限责任公司注册资本的百分之二十，国家对采用高新技术成果有特别规定的除外；首发办法规定，最近一期末无形资产(扣除土地使用权、水面养殖权和采矿权等后）占净资产的比例不高于20%。
针对上述问题，大体的解决原则和方案包括：
不存在权属问题的，主要关注出资手续的完整性和有效性，以及评估作价的合理性，酌情聘请具备证券期货从业资格的资产评估公司和会计师事务所将程序补充完整。如果手续完整且作价合理，则不存在出资瑕疵，可如实披露。
不存在权属问题、但出资时存在作价问题的，视不同情况认定。如果不存在明显高估作价导致的出资不实，倾向于解释为不同时点对无形资产使用价值的估计不同而导致的评估价值差异；如果存在明显高估作价的，出于谨慎原则应作为出资不实处理。
出资后无形资产对公司无实际使用价值或不再适用，一方面应对无形资产做减值处理，另一方面应由股东补足出资。
存在权属问题的，以职务发明为例，如果是法人股东出资，倾向于解释为职务发明，如果是自然人股东，则相反。根据专利法的规定，即使是职务发明，经双方约定可决定权利归属，因此也可以考虑经股东协商一致后补签关于职务发明成果权利归属的协议，但仍可能引起对协议有效性的质疑。
既存在权属问题也存在作价问题的，应作为出资不实处理。一旦认定为出资不实，法律上或减资、或以货币置换或补足出资。
针对上述问题和与之对应的解决方案，会计上应从实收资本和无形资产及其累计摊销两个方面考虑，同时税务上无形资产累计摊销的税前扣除也要考虑。
