2．自交法
上述测交法用于异花授粉作物时较易进行，但对于自花授粉植物如小麦、水稻等来说就比较困难，原因就是测交法需进行两次杂交，比较麻烦，所以常用自交法求交换率。但自交法又因亲本的基因组合方式不同而有不同的计算方法。
（l）相引组（coup1ing series）
在杂交的双亲中，一个亲本具有两种显性性状，另一亲本具有对应的两种隐性性状，这种杂交组合方式称为相引组，又称偶相组合。
Bateson（1906）用香豌豆做实验。香豌豆的花色有紫色和红色之分，花粉粒的形状有长形和圆形之分。当用纯合的紫花长花粉粒品种（PPLL）与红花圆花粉粒品种（pp11）杂交后，F1 全为紫花长花粉粒，F2 出现了4 种表型，其中两种亲型较多，两种重组型较少（图 5-6）。
P 紫花、长花粉粒 PPLL × 红花、圆花粉粒 ppll
↓
F1 紫花、长花粉粒 PpLl
↓
F2 紫、长 紫、圆 红、长 红、圆 总数
基因型 P_L_ P_ll ppL_ ppll
实际个体数 4831 390 393 1338 6952
所占频率 0.69 0.06 0.06 0.19 1.0
图5-6 香豌豆相引组的两对性状的连锁遗传
在自交的F2中，紫花长花粉粒含4种基因型（PPLL、PPLl、PpLL、PpLl），构成它们的配子，既有亲型的（PL、p1），又有重组型的（Pl、pL），无法把它们分开；而紫花圆花粉粒和红花长花粉粒各有两种基因型，构成它们的配子也是两类；只有红花长花粉粒的基因型（pp11）单纯，仅由亲型配子（pl）构成。那么，若能计算出pl配子的百分率，亲型配子（PL、p1）总频率就可求出，而交换率就等于总数减去亲型配子的频率。
现假设隐性纯合体（pp11）的频率为X，形成它们的配子（pl）的频率为q，
则 X = q2 或 q =
当已知隐性纯合体所占频率时，可求出q值，而亲型配子（PL、p1）的总频率应为2q，所以交换型配子（pL、Pl）总频率=1– 2q。归纳为：
交换率（引） （X为隐性纯合体所占频率） （公式5-2）
以图5-6中的数据进行计算：
R（p-1）=1–2 = 1 – 2 = 0.128 = 12.8%
即：控制香豌豆花色和花粉粒形状的两对基因间（p-l）相距12.8 m.u。
（2）相斥组（repulsion series）
在用于杂交的双亲中，一个亲本具有一种显性性状和另一种隐性性状，另一个亲本具有对应的隐性性状和显性性状，这种杂交组合方式称为相斥组或单相组合。
香豌豆中，用紫花圆花粉粒与红花长花粉粒亲本杂交后，F1 全为紫花长花粉粒，F2 有4种表型（图5-7），其中红花圆花粉粒个体（pp11）是由交换型配子（p1）构成的。所以只要求出此类的频率再乘以2，即可得到交换率。这样，在相斥组中交换率计算公式是：
（X为隐性纯合体所占频率） （公式5-3）
P 紫花、圆花粉粒 PPll × 红花、长花粉粒 ppLL
↓
F1 紫花、长花粉粒 PpLl
↓
F2 紫、长 紫、圆 红、长 红、圆 总数
基因型 P_L_ P_ll ppL_ ppll
实际个体数 226 95 97 1 419
所占频率 0.5394 0.2267 0.2315 0.0024 1.0
图5-6 香豌豆相斥组的两对性状的连锁遗传
以图5-7 所得结果计算，基因P和L间的交换率为
交换率（斥）= 2 = 2 × = 0.098= 9.8%
从以上2例看出，两次计算所得的P-L间的交换率稍有差异，这属于实验误差。
二、影响交换率的因素
1．基因间连锁程度或基因间距离
两基因间相距越近，交换率越小；相距越远，交换率越大。交换率通常大于0小于50%，在完全连锁时，交换率为0。
2．内外环境的变化
许多环境因素影响交换率，如温度、水分、营养、射线、化学药品等。早在1917年就报道了温度对果蝇基因交换率的影响，发现在22℃中饲养的雌果蝇的交换率最低，温度低于22℃或高于22℃时交换率都显著提高。
3．性别
雄果蝇和雌家蚕不发生交换。据了解，凡是性别为性染色体上的基因所控制的生物，异配性别一般较少发生交换。
4．染色体结构和数目的变异
若某条染色体缺失了中间某区段，将使缺失两端的基因间的交换率明显降低；若某条染色体内发生了倒位，在倒位区段内的基因间交换后，但无交换型配子成活。
