中央对特别行政区行使的权力主要有:1、中央人民政府负责管理与特别行政区有关的外交事务;,直辖于中央人民政府,因此宪法规定,国家在必要时得设立特别行政区。在特别行政区内实行的制度按照具体情况由全国人民代表大会以法律规定。特别行政区是指在我国版图内,根据我国宪法和法律规定设立的,具有特殊的法律地位,实行特别的政治、经济制度的行政区域。特别行政区是中华人民共和国享有高度自治权的地方行政区域,直辖于中央人民政府。因此,中央与特别行政区的关系,是一个主权国家内中央与地方的关系,它的核心在于中央与特别行政区的权力的划分和行使。中央对特别行政区行使的权力主要有:1、中央人民政府负责管理与特别行政区有关的外交事务;2、中央人民政府负责管理特别行政区的防务;3、中央人民政府任命特别行政区行政长官和行政机关的主要官员;4、全国人大常委会有权决定特别行政区进入紧急状态;5、全国人大常委会享有对特别行政区基本法的解释权;6、全国人大对特别行政区基本法享有修改权等。